Ипатьевский монастырь основан в конце 13 века неким Семёном Чёртом (Четом), выходцем из Золотой Орды, принявшим в монашестве имя Захарии. Удобное расположение монастыря — на старой дороге в Ярославль, и на выгодном для крепости месте — на стрелке между Волгой и рекой Костромой — позволяло использовать его, как мощную крепость, чем и воспользовались власти. Князь Василий Квашня укрепляет монастырь. В летописи монастырь впервые попадает в 1432 году. В этом году галицко-звенигородские князья Василий Косой и Дмитрий Шемяка подписали мир с московским великим князем Василием в Ипатии. С 1570 годов монастырь активно укрепляется Годуновыми — потомками Захарии.

Особое значение монастырь приобретает в Смутное время — сначала Борис Годунов становится царем московским, затем Тушинский вор при потворстве монахов затворяется здесь, и наконец, в монастыре находят Михаила Романова и уговаривают на царство.

А в 1744 году монастырь неожиданно упразднили: в Костроме появилась епископская кафедра, и епископ разместился вместе со своим аппаратом в монастыре, монахов же выгнали. Однако в 1767 году Екатерина приезжает в Ипатий и устанавливает традицию (принятую, впрочем, не сразу), по которой каждый монарх должен был хотя бы раз в жизни съездить на место рождения династии. В 1835 году обитель возрождается в своем прямом качестве, хотя и иерархи костромские в ней остаются.

В конце 18 века в монастыре была обнаружена Н. М. Карамзиным Ипатьевская летопись — один из древнейших русских летописных сводов, включающий в себя «Повесть временных лет» с продолжением до 1117 года, Киевский свод XII века — летописание событий 1118-1199 годов и записи о событиях до 1292 г. (в основном галицко-волынские).

При советской власти монастырь закрывается, а на его территории с 1958 года действует музей. В 1991 году монастырская община возвращается и постепенно занимает помещения монастыря. В 2002 году из монастыря переносят музей природы, оставляя открытыми для посещения только выставки, связанные с династией Романовых. Основная часть территории монастыря также открыта для посетителей.

Архитектурный ансамбль Ипатьевского монастыря включает в себя Троицкий собор (1586), звонницу (1603), Архиерейский корпус (XVIII век), палаты Романовых (XVI век) и братский корпус (XVIII век).